Destacan en la fauna cubana, mamíferos como las jutías, diversos murciélagos, reptiles (ninguno de ellos venenoso, es notable el hecho de que Cuba alberga una población de cocodrilos mucho mayor que otros lugares), anfibios (entre ellos la rana más pequeña del mundo), peces y animales marinos. La flora, con más de 6.500 especies sólo de plantas con semilla, bosques, plantas tropicales, de río y frutales.
La fauna cubana ha cambiado en el tiempo, pues la fauna actual dista de la del período cuaternario en Cuba. Los organismos vivos marinos abundan. Pueden ser cuevas, donde habitan peces ciegos, camarones, microorganismos y hongos. En los arrecifes de coral abundan los mismos, cuyos esqueletos calcáreos forman grandes masas. En ellas vive la carey y la caguama, dos tortugas amenazadas. Además hay peces como la guasa y otros de menor tamaño como los peces ángeles.
En tierra los suelos se llenan de insectos y en algunos sitios mamíferos insectívoros como el almiquí. En los árboles hay lagartos anolis y jutías (Capromyidae). Además de diversas aves endémicas como el tocororo (ave nacional), el zunzún y el catey. En las ciénagas habita el cocodrilo junto al mayito de ciénaga, la ferminia, la gallinuela de Santo Tomás y la garza.
Originariamente Cuba se encontraba llena de una espesa vegetación pero luego de un tiempo (principalmente durante la dominación española) ha sido degradada para desarrollar la agricultura. No obstante existen muchos programas para el cuidado y mantenimiento de estos bosques, que albergan gran diversidad. Las maderas preciosas de Cuba son muy cotizadas. Entre ellas el cedro, la caoba, la teca y otras.
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